Üniversitemizde lisansüstü eğitimi daha önce Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü altında yürütülmekteydi. Bu üç enstitü 17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan 5467 sayılı Kanunla kurulmuştur. Ancak, üniversitemizde lisansüstü eğitimi veren Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü 5 Şubat 2021 tarih ve 3519 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile kapatılarak yine aynı karar ile Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 5 Şubat 2021 tarihi itibarıyla lisansüstü eğitimini düzenlemek, yürütmek ve denetlemek üzere faaliyete başlamıştır.
Enstitünün organları, Enstitü Müdürü, Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kuruludur. Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu; Enstitü Müdürü, Enstitü Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulunca seçilen üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü Müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Anabilim Dalları başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yükseköğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir.
Enstitümüzde 39 Anabilim Dalı mevcut olup, bu Anabilim Dalları altında 41 Tezli Yüksek Lisans, 11 Tezsiz Yüksek Lisans ve 20 Doktora olmak üzere toplamda 72 program bulunmaktadır.
| Sıra No | Tezli Yüksek Lisans Programları | Tezsiz Yüksek Lisans Programları | Doktora Programları |
| 1 | Bahçe Bitkileri (YL)(Tezli) | Beden Eğitimi ve Spor (YL)(Tezsiz)(İÖ) | Bahçe Bitkileri (DR) |
| 2 | Beden Eğitimi ve Spor (YL)(Tezli) | Eğitim Yönetimi (YL)(Tezsiz)(İÖ) | Beden Eğitimi ve Spor(DR) |
| 3 | Biyoloji (YL)(Tezli) | İktisat (YL) (Tezsiz) (İÖ) | Biyoloji(DR) |
| 4 | Biyomedikal Mühendisliği (YL) (Tezli) | İş Sağlığı ve Güvenliği(YL)(Tezsiz)(Uzaktan Öğretim) | Felsefe ve Din Bilimleri (DR) |
| 5 | Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği (YL) (Tezli) | İşletme (YL) (Tezsiz) (İÖ) | Fen Bilgisi Eğitimi (DR) |
| 6 | Eğitim Yönetimi (YL)(Tezli) | Mahalli İdareler ve Yerinden Yönetim (YL) (Tezsiz) (İÖ) | Fizik (DR) |
| 7 | Elektrik-Elektronik Mühendisliği | Matematik Eğitimi (YL)(Tezsiz)(İÖ) | İktisat (DR) |
| 8 | Enerji Sistemleri Mühendisliği (YL)(Tezli) | Sosyal Bilgiler Eğitimi (YL)(Tezsiz)(İÖ) | İnşaat Mühendisliği (DR) |
| 9 | Felsefe ve Din Bilimleri (YL)(Tezli) | Temel İslam Bilimleri (YL)(Tezsiz)(İÖ) | İslam Tarihi ve Sanatları (DR) |
| 10 | Fen Bilgisi Eğitimi (YL)(Tezli) | Turizm Rehberliği (YL)(Tezsiz)(İÖ) | İşletme (DR) |
| 11 | Fizik (YL)(Tezli) | Türk Dili ve Edebiyatı (YL)(Tezsiz)(İÖ) | Kimya (DR) |
| 12 | Gastronomi ve Mutfak Sanatları (YL) (Tezli) | Makine Mühendisliği (DR) | |
| 13 | İktisat (YL)(Tezli) | Matematik (DR) | |
| 14 | İleri Teknolojiler (YL)(Tezli) | Öğretim Teknolojileri (DR) | |
| 15 | İlköğretim Matematik Eğitimi (YL) (Tezli) | Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi (DR) | |
| 16 | İnşaat Mühendisliği(YL)(Tezli) | Su Ürünleri (DR) | |
| 17 | İslam Tarihi ve Sanatları (YL)(Tezli) | Temel İslam Bilimleri (DR) | |
| 18 | İşletme (YL)(Tezli) | Tıbbi Biyokimya (DR) | |
| 19 | Jeoloji Mühendisliği (YL)(Tezli) | Tıbbi Mikrobiyoloji (DR) | |
| 20 | Kimya (YL)(Tezli) | Türk Dili ve Edebiyatı (DR) | |
| 21 | Makine Mühendisliği (YL)(Tezli) | ||
| 22 | Maliye (YL) (Tezli) | ||
| 23 | Matematik (YL)(Tezli) | ||
| 24 | Öğretim Teknolojileri (YL)(Tezli) | ||
| 25 | Peyzaj Mimarlığı (YL)(Tezli) | ||
| 26 | Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık (Tezli) | ||
| 27 | Sınıf Öğretmenliği (YL)(Tezli) | ||
| 28 | Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi (YL)(Tezli) | ||
| 29 | Sosyal Bilgiler Öğretmenliği (YL)(Tezli) | ||
| 30 | Sosyal Hizmet (YL) (Tezli) | ||
| 31 | Su Ürünleri (YL)(Tezli) | ||
| 32 | Tarih (YL)(Tezli) | ||
| 33 | Tarla Bitkileri (YL)(Tezli) | ||
| 34 | Temel İslam Bilimleri (YL)(Tezli) | ||
| 35 | Tıbbi Biyokimya (YL)(Tezli) | ||
| 36 | Tıbbi Biyoloji (Tezli) | ||
| 37 | Tıbbi Mikrobiyoloji (Tezli) | ||
| 38 | Turizm İşletmeciliği (YL)(Tezli) | ||
| 39 | Türk Dili ve Edebiyatı (YL)(Tezli) | ||
| 40 | Türkçe Eğitimi (YL) Tezli | ||
| 41 | Uluslararası İlişkiler (YL) Tezli |
Enstitümüzde mevcut olan Tezli Yüksek Lisans ve Doktora programlarından birine kayıt yaptıran öğrencilere istekleri doğrultusunda ve seviyelerine göre iki yarıyıl süreyle İngilizce hazırlık kursu verilmektedir.
